Como continuar a numeração da nota que vinha de outro sistema
Se a sua empresa já emitia NF-e em outro sistema, informe o próximo número da nota e o Integre continua a sequência na mesma série. Exemplo: a última nota lá foi a 50, a primeira aqui sai como 51.
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Passo a passo
Passo 1: Abra os dados fiscais da empresa
Em Fiscal › Configurações fiscais, aba «Cadastro da empresa», clique em «Editar» (ou siga a configuração fiscal da primeira vez). O «Passo 1. Dados fiscais da empresa» mostra a «Série da NFe» e, ao lado, o «Próximo número da nota». Informe o número que vem depois da última nota emitida no outro sistema.
Dica: Use a mesma série do outro sistema. Se mudar a série aqui, ela vai junto com o número.

Passo 2: Clique em «Continuar»
O Integre grava o número e confere antes: se a série já tem uma nota emitida pelo Integre com esse número ou maior, ele não aceita e diz qual foi a última nota. O próximo número precisa ser maior que ela.
Atenção: Em branco, nada muda: a numeração continua de onde está.

Passo 3: Confira a confirmação
Aceito o número, a faixa verde diz «Numeração confirmada: a próxima nota da série 1 sai com o número 51», com a série e o número que ficaram gravados de verdade. A próxima NF-e que a empresa emitir sai com esse número.

Dúvidas frequentes
Posso começar num número bem maior que o último?
Pode, mas os números entre o último e o novo ficam sem nota na SEFAZ e, em geral, precisam ser inutilizados. Converse com o seu contador antes.
E a nota do caixa (NFC-e)?
A NFC-e tem numeração própria, separada da NF-e. Este campo vale só para a NF-e.
Quem pode mudar a numeração?
Quem configura o Fiscal da empresa, normalmente o dono.